Так случилось и с мощами преподобного Серафима, которые тоже, как он сам предсказал, канули в неизвестность. Документально подтверждёнными были только два факта: 17 декабря 1920 г. мощи, хранившиеся в Дивеевском монастыре под Арзамасом, были вскрыты, а 16 августа 1921 г. закрыты и увезены. Известно было и другое: в конце 1920-х гг. мощи преп. Серафима выставлялись для обозрения в московском Страстном монастыре, где в то время был организован антирелигиозный музей. Мощи, вероятно, находились там до 1934 г., когда Страстной монастырь был взорван.
Последующая история стала проясняться только в 1990 г. и наиболее полно эту историю передаёт Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II в слове, сказанном им в Троицком соборе Александро-Невской лавры 12 января 1991 г., на следующий день после подписания протокола о передаче св. мощей преподобного Серафима Саровского Русской Православной Церкви.
«Уже при первой встрече с директором Музея истории религии, — говорил Патриарх Алексий II, — мы договорились о том, что мощи, как православные святыни, должны быть возвращены Церкви.
Первая святыня, которая была возвращена, — мощи святого благоверного князя Александра Невского. Вскоре были переданы Церкви и мощи преподобных Зосимы, Савватия и Германа Соловецких. Считалось, что никаких других мощей в музее нет, но в связи с намеченным переездом из Казанского собора сотрудники музея заново проверяли запасники и в помещении, где хранились гобелены, обнаружили зашитые в рогожу мощи. Когда их вскрыли, то на перчаточке прочитали надпись: «Преподобный отче Серафиме, моли Бога о нас!» Чьи это мощи? Кроме надписи на перчатке, никакой другой информации не было: ни номера, ни описания.
История же изъятия мощей преподобного Серафима такова. Из Сарова они были доставлены в Арзамас, из Арзамаса — в Донской монастырь. Далее след теряется», — продолжает Святейший Патриарх.
Вспоминая, как трудно было верующему народу смириться с тем, что мощи утрачены, Патриарх Алексий II свидетельствует: «Во многих местах находили какие-то предметы, которые приписывались преподобному: его топорик, части одежды, мантии, рукавички».
Патриарх Алексий II начал поиски акта о вскрытии мощей преп. Серафима, который вскоре был найден. «И, сопоставив два акта — о канонизации в 1903 году и о вскрытии в 1920 году, — говорит Святейший Патриарх, — я направил в Ленинград двух архипастырей — епископов Тамбовского и Мичуринского Евгения и Истринского Арсения, которые исследовали мощи… Архипастыри, которые производили осмотр, свидетельствовали о чувстве благодатности и благоухании мощей, которые им пришлось обследовать. После сопоставления появилась уверенность, что это действительно мощи преподобного Серафима. До передачи оставалось одиннадцать дней. Была изготовлена рака, в которую мощи были переложены накануне возвращения их Русской Православной Церкви».
Мощи преп. Серафима Саровского были перенесены в Москву и установлены в Богоявленском кафедральном соборе для поклонения. Из этого собора, куда в течение нескольких месяцев безостановочно шли и шли православные верующие, началось продолжительное странствие св. мощей по городам и весям — по пути из Москвы в Дивеево. Этот своеобразный всероссийский «крестный ход на колёсах» (мощи перевозили в микроавтобусе, за которым неотступно следовал автомобиль Патриарха) останавливался в городах и монастырях по пути следования, где Патриарх служил Литургию и совершались бесчисленные акафисты преподобному Серафиму. 1 августа 1991 г., в день памяти преп. Серафима Саровского, его св. мощи были возвращены в Дивеевский монастырь, основанный преп. Серафимом. Это было одним из самых ярких чудес русской церковной истории XX века.